我國燃料鋰電池汽車仍屬于產業導入期，實現商業化仍是一個中長期的發展過程。目前，我國氫燃料鋰電池汽車產業發展仍然面對以下幾方面挑戰。

首先，氫燃料鋰電池的核心技術與國際先進水平仍有差距。比如燃料鋰電池電堆和系統功率、體積比功率、低溫啟動性能、燃料鋰電池系統壽命、耐久性等方面。

其次，氫燃料鋰電池汽車的產業鏈基本形成，但一些核心零部件的技術水平、生產量力、成本等方面與國際先進水平比仍有差距，尤其是質子交換膜、膜電極、催化劑、空壓機等零部件，要么不具備量產量力，要么國內雖然能生產，但是質量和技術水平不如進口產品。

第三，氫氣作為能源管理的體系尚未建立，標準法規尚不完善。比如，目前政策法規不允許儲氫瓶使用非金屬內膽，車載氫瓶還要拆卸后檢測等等。

第四、加氫站數量少，分布不均。并且，加氫成本高。