在功能上，燃料動力電池要比鋰離子電池稍好一些，鋰離子電池的功能會應各方面原因受限，使用壽命燃料動力電池要高上好幾年。

在本錢上，肯定是鋰離子電池更具優勢，燃料動力電池本錢不僅是自身電池材料本錢，還需燃料本錢，且燃料動力電池材料本錢也要高鋰離子電池好幾倍。

在環保上，鋰離子電池是在生產過程中和回收階段會有高污染，而燃料動力電池不會，且在使用過程中因為使用的是氫與空氣焚燒，只會出現水。

在使用范圍上，鋰離子電池一般都是在手機、電腦、數碼相機等電子產品中使用，關于能量密度要求低。燃料動力電池重要是在特種范疇、輪船、列車等需能量密度高的范疇使用，可完美代替的柴油或汽油燃料，減少空氣污染。